吴茱萸扦插时间一般在3月中旬，选一至二年生的健壮枝条。在母株上剪取20 cm左右的小段，且每段上有芽2～3个。其次将枝条小段上端剪平，下端修剪成斜面，插条两端约离芽各1.5 cm。 采回的插条要尽快扦插到育苗床中，为了提高插条成活率，将插条下端约1.5 cm处蘸益富源催芽生根液稀释液（1:50倍兑水稀释），随蘸随扦插。扦插时注意插条不要插倒。按行距25 cm、株距12 cm斜插，插条入土深度为插条长的1/2～2/3，注意插后一定要把四周土压紧，浇1遍透水（水中可以加入益富源催芽生根液200倍稀释液）。

扦插地要及时搭建荫棚，荫棚透光度在30%左右较好。晴天每天喷水4次水（200倍益富源催芽生根液稀释液），每次30 min左右，保证喷出的水细小，且不留死角。阴天或雨天禁止喷水。雨季来临前要尽早做好清理排水沟的准备，扦插地雨水多时及时排除床内积水，以防插条霉烂，连续多天无雨也不要进行灌溉。

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吴茱萸插后一般30-45 d左右开始生根，此时应将喷水次数减少到每天3次。4月下旬扦插地上部芽抽生新枝。 6月上旬扦插苗长至15 cm左右时，为了满足扦插苗木生长发育旺盛时期对养分的需求，可以适当对苗木进行追肥。先将行间浅耙2～3 cm，再条施1%尿素45 kg/hm2，以后每隔15 d施1次，至8月底停止施肥和喷水，促进苗木木质化，有利于冬季抗寒。

吴茱萸扦插经过近8个月的育苗，成活率为70%～80%，当年11月平均苗高达70 cm，地径1.0 cm以上，产苗量为18.0万～22.5万株/hm2。当年11月中旬至12上旬即可进行移栽，春栽时间为第2年2月中旬至3月中旬。移栽定植前，按株距3 m、行距4 m，挖穴规格为50 cm×50 cm×50 cm，每穴底部施腐熟农家肥6 kg、人粪尿15 kg，与底土拌匀后再栽。每穴栽1棵苗，栽时当土填到穴深1/2时，要将移栽苗轻轻向上提高，使栽植的苗木根系舒展，踩紧穴内填土，再继续填土后踏实，浇足定根水，当水下渗后，补填一些松土。有条件的可以在苗木周围，盖一层10 cm左右厚的稻草保墒。